我看生信

时隔两年，今天再一次聊聊这个话题，相信会有不同的感受。

生物信息学是一门学科，经过近十几年的发展，已经成为一门较为完备的学科，有自成体系的方法。

总的来说，生信的方法可以分为两类：一类是流程化的、封装好的、有操作界面的，只需要点点点就好的，比如各种云分析平台，还有著名的MEGA、TBtools；一类是通过命令行交互的，也就是需要敲代码的。不妨把前者称为界面型，后者成为命令行型。

两年前，我为生信的门槛低而感到担忧，因为门槛意味着护城河，意味着核心竞争力。分子实验需要各式各样的仪器设备，离心机、超净台、通风橱、移液枪、烘箱、灭菌锅、培养箱、PCR仪、制水机、显微镜……这些数不清的价值高昂的仪器设备，光是学会操做都需要不少时间，价值高、耗时，就是分子实验的门槛，前者体现单位的核心竞争力，后者体现个人的核心竞争力。而生信呢，所有的操作只需要一套键鼠就可以完成，甚至连鼠标都可以不用。学习敲键盘，需要多长时间呢，有谁不会敲呢？我做过最复杂繁琐的事情，就是骑电瓶车到机房，拨通管理员电话，请他开启机房的门，然后在一排排服务器里找到自己课题组的那台，按一下电源键，过一会儿再按一下，然后锁好门，向管理员汇报。这一套复杂的操作，他们一般称之为“重启一下”。如此看来生信的门槛似乎是低到没有的。

但是生信真的没有门槛吗，不是的。基因家族分析，是生信领域最简单的研究方向之一了，再直白点，就是最容易水文章的方向，没错，就是我现在在做的这个方向。可是如果连“家族”是什么都不清楚的话，是没有办法开展研究的，两年前的我就是这种状态，虽然有四年的本科生物学背景，却连“家族”都不知道，一度不知道该如何下手。所以如果想做生信分析的话，需要具备一些基础知识，“基因的结构”、“基因组序列”和“基因序列”这些概念即使不能准确记诵，也应该能用自己的话说出来它们的区别，至少见到的时候不查资料就知道它们是有区别的，如果连这一点都做不到，要么应该回去补这类知识，要么应该放弃，还没学会走的时候不应该奔跑。做分子实验应该也是类似的，以跑电泳为例，电压设置多少伏，上游接正极还是负极，这些问题我没法一下子答上来的，我应该要么在实验前就搞清楚这些问题，要么就放弃做分子实验。术业有专攻。

互联网如此发达的今天，知识太容易获取了，知识的门槛算不了什么门槛，我所学的大多数生信知识都是从网上获取的（这里没有说“全部”，是因为我不能忽略我导师的贡献）。那么我们生信专业的童鞋竞争力在哪里呢？在于脑子，用脑子做那些尚未界面化的东西，把尚未界面化东西界面化，降低它们的使用门槛，而不在于熟练地用鼠标点点点那些界面上的按钮，不然就对不起生信专业的身份了。不是看不起那些界面型的东西，而是说比起怎么用那些软件，我更感兴趣的是那些软件怎做出来的。如果把生信比作汽车，界面型的方法就好比汽车驾驶技术，比较简单，适用于大众，命令行型的方法就像是汽车制造技术。如果你问一个汽车制造工程师怎么操作一款他没见过的车型，他如果不会，是应该被宽宥的。不不不，我不是“汽车工程师”，以我的水平，说自己是生产汽车的，这实在吹牛，我充其量就是个造轮胎的。

如果你问我，你的软件怎么用，我可能真的不会，不是藏着掖着，我没有那么小气。如果你问我，怎么做生信分析，拜托，你知道自己在问什么吗？

作为生信人，能帮到大家很开心，说庸俗点，发文章不挂我名也ok，致谢都没有也ok，但是希望大家能够知人善用，更好地更大地发挥生信人的作用，不要问一些奇奇怪怪的问题，请我帮一些奇奇怪怪的忙了。

嗯，可能过一段时间我会写一份《生信人使用手册》。